Отрицательные показатели локально? То есть при визуализации гридов точно нет пересечений? 

Если есть уверенность в построениях и все списывать на программную ошибку, то всегда можно прогнать поверхность через калькулятор с заданным ограничением. 

Если все значения отрицательные, то при расчетах меняем поверхности местами xD.

Проверь отбивки. В скважинах, где получил отрицательные значения, "верхний" маркер ниже "нижнего".