надо актуализировать при необходимости

В приложенных файлах есть перечень лицензий которые надо актуализировать.

Надо проводить в случае наличия в ЛС неактуальных и неадекватных пунктов (избыточное количество скважин, сейсмики, ежегодных снегоходов для местного населения и т.д.) 

Необходимые условия:

- отсутствие задолженности по налогам и платежам;

- отсутствие неисполненных предписаний росприроднадзора;

- наличие согласованных в установленном порядке проектных документов на разработку (для поисковых и сквозных лицензий проект поисково-оценочных работ, имеющий положительное заключение росгеолэкспертизы)

Регламент актуализации в приложении.

А как Вы можете отказаться от актуализации (тем более если Вы есть в перечне)!

А платежи увеличиваются согласно

"Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" от 05.08.2000 N 117-ФЗ (ред. от 09.03.2016) (с изм. и доп., вступ. в силу с 15.03.2016), Статьи 338-342. Налоговая ставка.

Почему у Вас поменялась ставка я не знаю может это в лицензии прописано, при изменении стадийности работ и т.д. может как я написал выше Вы начали добычу.

Конкретный размер ставки регулярного платежа за пользование недрами устанавливается федеральным органом управления государственным фондом недр или его территориальными органами, в отношении участков недр местного значения уполномоченными органами исполнительной власти соответствующих субъектов Российской Федерации отдельно по каждому участку недр, на который в установленном порядке выдается лицензия на пользование недрами, в следующих пределах:
(в ред. Федеральных законов от 22.08.2004 N 122-ФЗ, от 23.07.2013 N 227-ФЗ)

                                 (рублей за 1 кв. км участка недр)

                                               Ставка
                                   Минимальная        Максимальная

1. Ставки  регулярных  платежей  за  пользование  недрами  в целях
поиска и оценки месторождений полезных ископаемых

(в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 227-ФЗ)

Углеводородное сырье                 120                    540

Углеводородное    сырье     на        50                    225
континентальном         шельфе
Российской   Федерации   и   в
исключительной   экономической
зоне Российской  Федерации,  а
также за пределами  Российской
Федерации   на    территориях,
находящихся  под   юрисдикцией
Российской Федерации

Драгоценные металлы                   90                    405

Металлические         полезные        50                    225
ископаемые

Россыпные        месторождения        45                    205
полезных    ископаемых    всех
видов

Неметаллические       полезные        27                    135
ископаемые,   уголь,   горючие
сланцы и торф

Прочие    твердые     полезные        20                     75
ископаемые

Подземные воды                        30                    135

2. Ставки регулярных  платежей  за  пользование  недрами  в  целях
разведки полезных ископаемых

Углеводородное сырье                5000                 20000
Углеводородное сырье на
континентальном шельфе
Российской Федерации и в
исключительной экономической
зоне Российской Федерации, а
также за пределами Российской
Федерации на территориях,
находящихся под юрисдикцией
Российской Федерации                4000                 16000
Драгоценные металлы                 3000                 18000
Металлические полезные
ископаемые                          1900                 10500
Россыпные месторождения
полезных ископаемых всех видов      1500                 12000
Неметаллические полезные
ископаемые                          1500                  7500
Прочие твердые полезные
ископаемые                          1000                 10000
Подземные воды                       800                  1650

3. Ставки  регулярных  платежей   за   пользование   недрами   при
строительстве и эксплуатации подземных сооружений,  не связанных с
добычей полезных ископаемых

Хранение нефти и газоконденсата
(рублей за 1 тонну)                    3,5                   5
Хранение природного газа и гелия
(рублей за 1 000 куб. м)               0,2                   0,25

Сумма регулярных платежей за пользование недрами включается организациями в состав прочих расходов, связанных с производством и реализацией, учитываемых при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций, в течение года равными долями.