Вообще, следующим после ППЭ должна быть техсхема. Ведь, ППЭ и делается с целью доизучения месторождения и получения новых геологических данных, на основании которых и составляется тех.схема. Если вы выполнили весь (ну или почти весь) объем исследований прописанный в ППЭ, но при этом еще не понятно, что дальше делать с месторождением, то можно попробовать продлить.

Если это не противоречит лицензионным соглашениям. В них может быть оговорено время этапа пробной эксплуатации (а так же выпуска проектных документов) при проверке могут покарать. Придётся обращаться в Роснедра и Росприроднадзор. Уровни добычи тоже придёться менять и т.д.

Нельзя. Если в протоколе жестко приписаны года, то ничего изменить/продлить не получится. Комиссию это не волнует. Другой немаловажный момент, что уровни в ППЭ не регламентируются, и МинЭнерго обычно не сильно докапывается до утилизации газа. Это проект пробной, а не Тех схема и месторождение работает в тестовом режиме. Проблема скорее всего будет в обосновании уровней утилизации в Тех схеме.

Вообще-то:  

 Пробная эксплуатация месторождений УВ может осуществляться до окончания стадии геологического изучения, поисков и оценки, как на всем месторождении углеводородного сырья, так и на отдельных его участках или залежах.

Пробная или опытно-промышленная эксплуатация месторождения или залежи допускается для пробной эксплуатации на срок не более трех лет, для опытно-промышленной эксплуатации - не более пяти лет с суммарным отбором углеводородов за этот период не более пяти процентов извлекаемых запасов, оперативно учтенных государственным балансом запасов полезных ископаемых на дату утверждения технической (технологической) проектной документации - проекта пробной или опытно-промышленной эксплуатации месторождения или залежи.

"Проект пробной эксплуатации" является первой стадией проектирования разработки нефтяных и газонефтяных месторождений и составляется и утверждается для месторождений, разведка которых не закончена или закончена при отсутствии достаточного объема исходных данных для составления технологической схемы разработки.

Но если поискать, то есть еще такое:

В случае получения новых геологических данных, существенно меняющих представление о запасах месторождения, базовых объектах разработки, а также в связи с изменением экономических условий разработки или появлением новых эффективных технологий, в порядке исключения, могут быть составлены промежуточные технологические документы:

- дополнения к проектам пробной эксплуатации и дополнения к технологическим схемам опытно-промышленной разработки;

- дополнения к технологическим схемам разработки.

Так что выход из вашей ситуаци мне видится как раз в выделеном жирным.